Cuối thế kỷ 16, đất Đồng Nai còn hoang sơ, chưa được khai phá, dân cư thưa thớt, sản xuất thô sơ, trình độ xã hội thấp.

Cuộc chiến tranh Trịnh Nguyễn làm cho nhân dân khổ sở, lầm than, nên đã tạo ra một làn sóng di cư từ miền Trung vào đất Đồng Nai sinh sống. Những lưu dân người Việt đã cùng với người dân bản địa khai phá đất để sản xuất. Dần dà, đất Đồng Nai hoang vu trở thành những cánh đồng lúa và hoa màu tươi tốt.

Năm Kỉ Mùi (1679), nhà Minh ở Trung Quốc sụp đổ, Tổng binh Trần Thượng Xuyên trấn thủ các châu Cao - Lôi - Liêm không khuất phục nhà Thanh đã đem 50 chiến thuyền, 3000 binh lính và gia quyến đến xin thần phục chúa Nguyễn ở Thuận Hóa. Chúa Nguyễn đã thu nhận họ và cho vào khai khẩn, mở hoang vùng đất phương nam. Những Người Hoa ở miền Nam còn được gọi là người Minh Hương.

Người Hoa theo Trần Thượng Xuyên đầu tiên định cư và buôn bán ở Bến Gỗ, nhưng sau xét thấy Cù lao Phố có vị trí thuận lợi hơn cho việc buôn bán, nên ông đã quyết định di chuyển cả đoàn đến Cù lao Phố sinh sống[1]. Cù lao Phố ngày càng phồn thịnh và nhanh chóng trở thành trung tâm thương mại và giao dịch quốc tế của cả Nam Bộ và Bến Gỗ trở thành nơi buôn bán vệ tinh của Cù lao Phố với việc buôn bán gỗ, tre nứa từ rừng đi khắp xứ Biên Hòa - Gia Định.

Do vậy, có thể nhận định là Bến Gỗ được hình thành từ thời gian này (1679), ước tính làng Bến Gỗ có tuổi thọ đã trên 300 năm, cùng thời gian hình thành Cù lao Phố và cả vùng đất Biên Hòa - Đồng Nai.

Theo Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức, có viết:

"Vào nửa sau thế kỷ XVII, các thế hệ di dân tự do người Việt với phương tiện chủ yếu là thuyền, ghe, xuồng... theo thủy triều ngược dòng Đồng Nai vào định cư ở các giồng đất hai bên bờ. Do đây là những nơi sẵn nước ngọt dùng cho sinh hoạt, trồng tỉa nên người Việt đến khai khẩn sớm nhất."

Theo đó, Bến Gỗ là một trong những vùng định cư sớm nhất của số cư dân này ở xứ Đồng Nai. Rồi một thời gian sau đó thì Trần Thượng Xuyên đến.